Laut bayerischem Umweltministerium ist das nördliche Erdinger Moos, wo die dritte Startbahn geplant ist, „eines der wichtigsten bayerischen Wiesenbrütergebiete, mit einem der größten Brachvogel-Bestände, sehr bedeutenden Brutvorkommen von Kiebitz, Feldlerche, Grauammer, weiteren Arten der Stillgewässer, Röhrichte und Verlandungszonen, wie dem Blaukehlchen.“
Das Erdinger Moos ist außerdem eines der letzten verbliebenen größeren Niedermoorgebiete Bayerns. 95 Prozent der ursprünglichen Moore des Freistaats sind heute zerstört. Doch auch das Erdinger Moos ist durch den Bau des Flughafens an der ökologischen Belastungsgrenze angelangt. Flächenversiegelung, Lärm, Schadstoffe und Entwässerung haben ihm schwer zugesetzt.
Der Bau einer dritten Startbahn würde noch mehr Fläche versiegeln. Etwa 3.500.000 Quadratmeter, eine Fläche größer als der Tegernsee, würden unter Beton verschwinden. Insgesamt würde für die Bahn und alle Folgemaßnahmen eine Fläche von 871 Hektar „verbraucht“. Das Grundwasser würde weiter absinken. 4,3 Millionen Kubikmeter Boden würden abgetragen, Gewässer auf 14 Kilometern Länge „umgebaut“. Die Natur würde hier vollkommen zerstört, 1000 Hektar Vogelschutzgebiet gingen verloren. Darüber hinaus würde die Startbahn nicht nur die unmittelbar betroffene Fläche, sondern den Naturraum Erdinger Moos insgesamt in Mitleidenschaft ziehen. Der Bau der dritten Startbahn wäre daher eine der größten Artenvernichtungsaktionen in Bayern.